Jan-Andrea Bernhard beschäftigt sich seit seiner Promotion (2003) insbesondere mit der frühneuzeitlichen Theologie-, Kirchen-, Buch- und Kommunikationsgeschichte. Seine grosse Anzahl an Publikationen belegen sein lokales, nationales wie auch internationales Engagement in mehreren innovativen Forschungsprojekten. Dank seiner Kenntnisse mehrerer neolateinischer Sprachen als auch der finnougrischen Sprachfamilie besitzt er ein einzigartiges Netzwerk und fördert den Kulturaustausch zwischen der ostmitteleuropäischen und der westlichen Forschungsgemeinschaft.

Seine Forschungsgebiete betreffen insbesondere:

• Christianisierung im (Früh-)Mittelalter
• Entwicklung des Protestantismus in Ostmitteleuropa (1500-1800)
• Humanismus, Schriftkultur und Reformation in Süd- und Mitteleuropa (1500-1800)
• Kommunikationsgeschichte in der frühen Neuzeit (inkl. Buch- und Bibliotheksgeschichte)
• Kirche und Kommunismus in Ostmittel- und Osteuropa
• Konfessionskunde und Ökumene

Er ist derzeit einer der wenigen Historiker, der sowohl im Bereich der Frühen Neuzeit wie auch der jüngeren Geschichte forscht. Dem entsprechend betreffen seine Forschungsprojekte sowohl reformationsgeschichtliche Themen oder Buchgeschichte wie auch Genderfragen oder opferpolitische Problematiken osteuropäischer Staaten.